Культобинская ханака состоит из 10 помещений, имеющие общие стены и вытянутые по линии север-юг. У всех помещений с западной стороны располагалась входная часть. С восточной стороны у всех помещений одна общая стена (осевая), сложенная из комбинированной кладки жжённого и сырцового кирпича прямоугольной формы. В большей части помещений на уровне пола располагаются отопительные печи и небольшие тандыры.
В юго-восточной части ханаки расположен мавзолей прямоугольной (8 х11 м) формы с подпольным склепом, в котором обнаружено 7 захоронений. Все погребенные головой ориентированы в северном направлении в сторону мавзолея Ходжа Ахмеда Ясави.
В центральной части зафиксированы основания двух колонн округлой формы, сложенные из сырцового кирпича уложенные на глиняный раствор. Сохранившаяся высота колонн составляет 1,3-1,4 м. Кирпичные стены сохранились на высоту 7-8 рядов, нижние 4 ряда уложены плашмя, а верхние чередуются: 2 ряда из установленных на ребро кирпичей и 2 уложенных плашмя.
С северной, восточной и южной стороны сохранились стены двух обходных галерей. Размеры крайней северной стены галереи: длина 15,8 м, высота 1,6 м. Размеры центральной стены галереи: длина 15 м, высота 1,6 м. Размеры восточной стены галереи: длина 20 м, высота 1,7 м. Размеры южной стены галереи: длина 9,5 м, высота 1,1 м. В северо-западной части объекта наземные конструкции не фиксируются, видимо, здесь располагалась крытая терасса-айван, используемая для хозяйственных нужд и коллективных ритуалов.